1526–1620
Utrakvisté (kališníci)
- Dolní konzistoř – sídlila na Starém městě pražském
- administrátor – nejprve voleni, od roku 1562 jmenoval král
- defenzoři – nejprve tři, od roku 1554 dvanáct (4 z každého stavu) a dosazení králem
- Konzistoř v Kutné Hoře
- Novoutrakvisté – radikálnější, ovlivněni luteránstvím
- Staroutrakvisté – více se sbližují s katolíky
Katolíci
- Horní konzistoř – sídlila na Pražském hradě
- administrátoři – voleni pražskou kapitulou nebo jmenovaní papežem
- Olomoucký biskup
1556 – příchod jezuitů do Čech
1561 – obnovení pražského arcibiskupství (Antoní Brus z Mohelnice) – konec katolických administrátorů
1567 – zrušena basilejská kompaktáta na žádost českých stavů
1757 – Česká konfese – Luteráni, novoutrakvisté a čeští bratři – přijata jen ústně
1609 – Majestát Rudolfa II. – Dolní konsistoř zpět stavům; Jednota bratská + Novoutrakvisté; obnovení 24 defenzorů
Luteráni (nelegální)
Jednota bratrská (nelegální)
- Obec
- Obecní synoda
- Senior (biskup) – volen synodou; od roku 1500 čtyři biskupové
- Úzká rada – volená synodou
- Obecní synoda
Římsko-katolická církev
- Česká církevní provincie
- arcidiecéze pražská (973)
- diecéze českobudějovická (1785)
- diecéze královéhradecká (1664)
- diecéze litoměřická (1655)
- diecéze plzeňská (1993)
- Moravská církevní provincie
- arcidiecéze olomoucká (1063)
- diecéze brněnská (1777)
- diecéze ostravsko-opavská (1996)